Depuis le 1er septembre 2026, les cabinets libéraux doivent être en mesure de recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. Cette réforme concerne tous les médecins libéraux, qu’ils exercent à titre individuel ou sous forme de société (SEL/Société d’Exercice Libéral ou SCM/Société Civile de Moyens).
Depuis le 1er septembre 2026 : la réception des factures électroniques est obligatoire
Les professionnels assujettis à la TVA établis en France doivent désormais recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs (énergie, accès internet, matériel médical, informatique, fournitures, loyers, maintenance, téléphonie, etc.) par l’intermédiaire d’une plateforme agréée par la Direction générale des Finances publiques (DGFiP). Par « assujetti à la TVA », on entend toute personne physique ou morale qui exerce de manière indépendante une activité économique à titre habituel. La DGFiP précise que cette obligation de réception s’applique aux médecins. En revanche, les actes de soins exonérés en application des articles 261 à 261 E du Code général des impôts restent exclus de l’obligation d’émission de factures électroniques et de l’obligation de transmission des données de transaction correspondantes. Il faut donc distinguer l’obligation de réception des factures électroniques du cabinet des obligations relatives à l’émission des factures électroniques pour les soins et à la transmission des données de transaction : cette réforme ne concerne donc pas la télétransmission des feuilles de soins à l’Assurance maladie.
Si l’entreprise, et donc le cabinet médical, dispose déjà d’un logiciel (facturation, caisse, logiciel métier, etc.), il faut vérifier sa compatibilité. Pour se mettre en conformité, il est recommandé de se rapprocher d’un expert-comptable, de sa banque, d’un organisme de gestion, d’un éditeur de logiciel de facturation, de comptabilité ou de suivi des encaissements, ou directement d’une plateforme agréée par l’administration fiscale.
L’absence de recours à une plateforme agréée pour recevoir les factures électroniques pourra entraîner, après une mise en demeure restée sans effet pendant trois mois, une amende de 500 €, puis de 1 000 € tous les trois mois jusqu’à régularisation. L’administration fiscale a toutefois indiqué qu’aucune sanction ne sera prononcée dans les premiers mois.
À partir du 1er septembre 2027 : l’émission des factures électroniques et e-reporting sera obligatoire
L’obligation d’émettre des factures électroniques et de transmettre à l’administration fiscale les données de certaines opérations soumises à la TVA (e-reporting) prendra effet au 1er septembre 2027 pour les PME, TPE et micro-entreprises, auxquelles appartiennent la majorité des cabinets libéraux. Certaines activités accessoires peuvent en effet relever de la réforme lorsqu’elles sont soumises à la TVA (expertises médicales, activité de conseil, certaines formations, médecine esthétique ou certaines prestations réalisées dans le cadre d’une collaboration libérale). Mais dans ce cadre également, l’ensemble des revenus d’un médecin ne sera toutefois pas concerné: la réforme porte sur les opérations réalisées entre entreprises assujetties à la TVA établies en France. Les consultations et actes de soins exonérés restent donc en dehors de ce dispositif.
Des régimes à distinguer
Le régime de TVA applicable varie selon la situation du médecin et la nature de l’activité exercée :
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Lorsqu’un médecin remplaçant perçoit une rétrocession d’honoraires au titre des soins qu’il dispense aux patients, cette rémunération relève en principe de l’exonération applicable aux soins médicaux.
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En revanche, les sommes perçues par le médecin libéral en contrepartie de la mise à disposition de ses locaux, de matériel et de services devraient relever de la TVA, lorsque celle-ci s’inscrit dans le cadre de la collaboration libérale (mais pas d’un remplacement occasionnel).
Attention, dans le cadre d’une collaboration libérale, le collaborateur peut néanmoins bénéficier de la franchise en base de TVA si le montant de ses recettes reste inférieur aux seuils fixés par la réglementation.
La situation de chaque médecin doit donc être appréciée en fonction de la nature et de la combinaison de ses activités. Un échange avec l’expert-comptable peut être nécessaire, notamment en cas de cumul d’activités de soins, remplacement, collaboration ou activités accessoires.
A noter : pour les prestations de services et les professions libérales, les seuils de franchise en base de TVA applicables en 2026 sont fixés à 37 500 € (seuil de base) et 41 250 € (seuil majoré). Le franchissement de ces seuils peut entraîner la sortie de la franchise en base et l’application de la TVA. Une attention particulière doit alors être portée aux factures émises. Tant que le professionnel bénéficie de la franchise en base, celles-ci doivent comporter la mention «TVA non applicable, article 293 B du CGI » et ne doivent faire apparaître ni taux ni montant de TVA. La TVA mentionnée à tort sur une facture peut devenir exigible par le Trésor public.
Dépenses courantes : le cas des petits montants
La mise en place de la facturation électronique ne remet pas en cause les règles applicables aux dépenses de faible montant. Un ticket de restaurant ou de carburant ne devra donc pas systématiquement être remplacé par une facture électronique établie au nom du cabinet. Dans certaines situations, une facture simplifiée peut continuer à être utilisée, notamment pour les opérations n’excédant pas 150 € HT. Des règles spécifiques s’appliquent par ailleurs à certaines dépenses, notamment celles liées à la restauration, aux péages et au carburant. Pour apprécier le seuil de 150 € HT, il faut examiner chaque opération séparément, le montant cumulé d’une note de frais n’étant pas pris en compte.
Pour en savoir plus : Fiche 2 Finances Publiques — « Mon entreprise sera-t-elle obligée de facturer électroniquement ? »